Resolvido!
O problema foi que a opção use-agent não estava ativada.
Eu anteriormente não tinha comentado o use-agent em ~/.gnupg/gpg.conf para poder usar o keyagent do meu chaveiro padrão.
MAS, desde que eu mudei o homedir do chaveiro, o gpg estava procurando por uma configuração em /path/to/keyring/gpg.conf e não encontrou nada, já que eu só movi pubring.gpg e secring.gpg quando eu exportei o chaveiro.