Instale o 'dconf-editor' se você não tiver. Lance-o e vá no painel esquerdo para org > gnome > Lá você pode alterar o valor de 'overlay-key' para 'Control_L' ou 'Control_R' ou qualquer outra chave, se desejar. A configuração é aplicada instantaneamente após a edição de fechamento (clique em algum outro lugar no editor do dconf).