Configurações de exibição
Você verificou em System-Settings -> Displays
(os nomes podem ser ligeiramente diferentes)? A resolução da tela pode ter mudado para uma que não tenha a mesma proporção do seu monitor. Essa configuração é por usuário, e é por isso que sua tela de login parece boa.
Usuário de teste
Crie um usuário de teste (como root): -
#useradd -m testuser
#passwd testuser
Efetue logout e login como este novo usuário e verifique a resolução da tela. Se estiver bom, o problema é uma configuração na sua conta de usuário.