Você pode fazer o backup de qualquer maneira que quiser. Usando dd
para trabalhos de backup, é claro, mas meio que fede (independentemente da criptografia). Os backups baseados em arquivos são mais poderosos, pois permitem selecionar o que fazer backup e se deve ser compactado ou incrementalmente.
Você pode LUKS com arquivos, cryptsetup luksOpen somefile
cria automaticamente um dispositivo loop
para você nesse caso.