Conforme discutido aqui , esse é um bug conhecido de file-roller . Tente fazer o downgrade do seu pacote ( veja aqui ) e coloque-o em espera impedir futuras atualizações.
Estou tentando arrastar arquivos .png para uma pasta em um arquivo .jar. O erro também ocorre com .zips também. Eu estou executando o Ubuntu 13.04 em um sistema de arquivos ext4 com o gerenciador de arquivos padrão para o gnome-shell.
Eu tentei vários gerenciadores de arquivos para fazer isso funcionar e nenhum parece cooperar. Falando no IRC, isso aparentemente não é um problema comum e ninguém sabia a resposta. Eu só estou tentando adicionar texturas em um Minecraft.jar sem ter que extrair e comprimir novamente (o que é completamente possível com 7zip no Windows).