Eu tentaria o seguinte na ordem especificada (porque cada comando a seguir levará muito mais tempo para ser executado do que o anterior):
1: na região não global, execute
find / -name name_of_rc3_script
2: Se isso não der nenhum resultado, faça o mesmo da zona global.
3: Se isso não der uma saída útil, então da região não global:
find / | xargs grep name_of_rc3_script
4: Se isso não der saída útil, então execute isso também da região global.
3 e 4 têm o potencial de demorar muito tempo, dependendo do tamanho dos sistemas de arquivos anexados. Você pode querer limitar o que é procurado apenas aos sistemas de arquivos locais - man find para obter informações sobre como fazer isso.
1 e 2 assumem que o nome do script é o mesmo onde ele estiver quando não estiver em /etc/rc3.d. Pode ou não ter o mesmo nome de arquivo. Embora esperemos que mostre a localização do arquivo, você precisará descobrir o que está copiando para /etc/rc3.d na região não global.
3 e 4 pesquisarão cada arquivo no sistema em busca do nome do script e devem encontrar o arquivo que estiver copiando, independentemente do nome do arquivo, como o destino do arquivo. script deve coincidir com o nome do script. isso deve mostrar o que está fazendo a cópia.