although I love Linux it seems to me more reasonable to put all files under one folder, don't you think
Bem ...
- se os binários estiverem todos em um único local, é fácil protegê-los limitando o acesso de gravação com permissões
- se as informações de configuração estiverem em um local separado, será fácil alterar ou fazer o backup da configuração conforme necessário e aplicar as permissões apropriadas
- recursos do programa, como documentação, podem precisar de mais acessibilidade para usuários e permissões diferentes também.
- se as bibliotecas estiverem em seu próprio local central, qualquer programa poderá acessá-las e, quando forem atualizadas, qualquer programa que as use usará a versão atualizada.
O acima é mais razoável em um sistema multi-usuário, multi-processo, onde coisas como essa precisam ser gerenciadas adequadamente para garantir um sistema estável.
Como o Linux e outros Unices geralmente possuem um gerenciador de pacotes online maduro, integrado e pesquisável, os detalhes dos arquivos dos pacotes realmente não precisam preocupar-se com o usuário típico, o gerenciador de pacotes lida com todos os detalhes. Você só precisa entrar no "detalhe" se estiver compilando seu próprio software ou executando algo não disponível em seu gerenciador de pacotes.