Eu tive um problema semelhante no passado no ext3. O arquivo de cota foi danificado silenciosamente e criou esse cenário estranho. Definir a cota do usuário como zero e voltar também não corrigiu.
O arquivo em questão é /path/to/mountpoint/aquota.user.
O que acabamos fazendo foi desativar as cotas, excluir esse arquivo, voltar as cotas e redigitar o sistema para obter os dados da cota corretos novamente. Desde que fizemos isso, o problema não apareceu novamente por mais de três anos.
O comando para redigitalizar a cotação depois de fazer isso é quotacheck -cuvf /path/to/mountpoint
.
Esta é realmente uma abordagem de choque e pavor. Este é realmente um bug no upstream, mas depois de duas semanas tentando consertá-lo, essa abordagem era muito razoável.