Se você der uma olhada no que está armazenado no primeiro setor (por exemplo, no artigo da MBR da Wikipédia) você verá que limpou a tabela de partições.
Sem uma tabela de partição, sua partição /boot
provavelmente não existe mais.
Sugiro que você faça algo assim para salvá-lo e restaurá-lo:
sfdisk -d /dev/vda > part-table
dd if=/dev/zero of=/dev/vda bs=512 count=1 # note, maybe want more than 1
sfdisk /dev/vda < part-table
grub2-install /dev/vda
Observe que o grub realmente ocupa parte do setor 0 e também os setores 1– n , em que n é um número menor que o início da sua primeira partição. Você pode querer limpar esses setores também.