Eu encontrei algo semelhante após atualizar para o 14.04 LTS. Esta resposta de superusuário funcionou para mim no VLC:
Tools – Preferences - Select Input & Codecs option ...
Look for "Skip the loop filter for H.264 decoding " or “Skip H.264 in-loop deblocking filter” and select ALL from the drop down list.Save the preference and play the video.