1) Se você tem dados sobre a unidade que precisa manter, faça o backup.
2) Encha a unidade com zeros que irá afastar o MBR, tabela de partição LVM e todos os dados por:
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdX
ou se você quiser um relatório de progresso ao limpar o uso da unidade
sudo dc3dd wipe=/dev/sdX em ambos os casos, o sdX deve ser alterado para sda, sdb ou qualquer outra unidade que você esteja limpando. Você pode identificar as unidades usando
fdisk -l