Você pode fazer isso, mas você não economizará muito tempo. Se o BIOS não "enxergar" a unidade naquela parte do processo de inicialização, você terá dificuldade em armazenar o stage2 na unidade (não que seja fácil, em primeiro lugar).
Você será melhor servido colocando / boot no HDD. É muito mais fácil e não é como se esses arquivos fossem lidos com frequência. Uma vez inicializado, o computador nunca os usa (exceto ao atualizar o grub ou outro material de inicialização). Seu realmente não vai ganhar qualquer velocidade por ter boot no SSD.