Você precisa formatá-lo como ext3 ou 4, então, de acordo com o guia, na linha de comando você só precisa executar:
dd bs=4M if=/path/to/manjaro.iso of=/dev/sd[drive letter]
Qual [letra da unidade] é o seu disco rígido detectado em / dev, por exemplo a, b ou c ...
E para formatar seu flash, talvez precise de algum Linux ao vivo, como o Ubuntu. Se você usar o Live Ubuntu, tem uma ferramenta chamada gParted que pode fazer muitas coisas para você em seus discos e partições, ou então executar
mkfs.ext3 /dev/sda1
Para formatar suas partições por CLI.