Eu não preciso mais usar um cliente VPN para se conectar, mas quando usei, usei esses guias para ajudar a depurar problemas que eu costumava ter com ele durante a conexão.
- Configurando um túnel IPSec entre um cliente VPN da Cisco para Linux e uma VPN 3000 Concentrador
- VPNClient - documentação oficial do Ubuntu
Se nenhum dos dois funcionar para você, eu começaria a pesquisar no Google por "cisco vpn client debug linux". Havia outros recursos que poderiam ajudá-lo também.