Copiar os arquivos de um repositório subversion não é uma forma suportada de fazer backup. (Veja [SVN]: Como fazer o backup do repositório? e qual é a melhor maneira de fazer backup de repositórios do subversion? e Como faço backup de um repositório SVN remoto para os métodos apropriados.) Parece que o banco de dados acabou em estado corrompido.
Tente executar svnadmin dump
no repositório não descompactado e svnadmin load
no dump resultante. Isso pode resultar em um repositório de trabalho (mas sem promessas, não estou muito familiarizado com o svn).
Os timestamps nos arquivos são irrelevantes. O Subversion não os usa para decidir se deve confirmar, ele usa números de revisão.