Eu encontrei este comentário em um Q & A do Askubuntu intitulado : problemas de atalhos de teclado com o xmodmap em sinergia .
Trecho
Do you run into the same problem if you use Xkb to swap control/capslock? You should be able to do this through the keyboard control panel application, or with setxkbmap. xmodmap has been known to screw things up for xkb aware applications. – James Henstridge Nov 17 '11 at 1:16
Talvez você deva tentar usar setxbmap
em vez de xmodmap
?
Eu encontrei este belo tutorial para você começar com setxbmap
intitulado: Estendendo o mapa do teclado X com xkb , se você estiver interessado.
Eu tentei encontrar uma lista de quais aplicativos são XKB Aware, mas não tiveram sucesso. Eu encontrei este documento intitulado: A extensão do teclado X . Neste documento há menção de 3 classificações de aplicativos, caso você esteja interessado.