Estou tentando aprender bioinformática da maneira mais difícil. Eu não tenho experiência em Linux, Ubuntu, bash, Perl, Python, etc. Estou tentando usar vários programas, principalmente os módulos bioperl, que foram instalados e usados nesta máquina antes.
Parece que as versões mais antigas funcionam, mas as mais novas não funcionam. Especificamente, é o grupo de programas de explosão autônomo do NCBI. Posso usar blastall , mas não blastn , fastacmd ou blastdbcmd , mesmo que esses módulos estejam presentes e apareçam como executáveis. O erro que recebo é no such file or dir .
Como desinstalo esse grupo de módulos e depois os reinstalo? Ou há algum outro motivo pelo qual eles não seriam encontrados? Eu tentei executá-los dentro do diretório onde eles estão localizados.
Eles não devem ser usados como executáveis independentes. Veja man bastall para detalhes, mas, por exemplo:
blastall -p blastn -i input.fa -d nr
executará uma pesquisa de blastn contra o banco de dados nr usando o arquivo fasta input.fa como entrada. Em geral, para executar qualquer um desses programas, você precisa executar
blastall -p PROGRAM_NAME
Ah, e estes não são módulos bioperl, eles são programas independentes e não têm nada a ver com bioperl.
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