Eu acredito que a solução é modificar as definições locais do PolicyKit. Crie um arquivo chamado, digamos, /etc/polkit-1/localauthority/50-local.d/allowuserupdate.pkla
[Allow User Updates]
Identity=*
Action=org.freedesktop.packagekit.system-update
ResultAny=no
ResultInactive=no
ResultActive=yes
Se você quiser apenas seu usuário, poderá alterar Identity=YOURUSERNAME
(substitua YOURUSERID
pelo seu nome de usuário).