Suponho que você esteja usando um dos modelos kcikstart padrão no cobbler. A senha para root e / ou um usuário inicial é provavelmente definida lá. No meu preseed eu não criei um usuário inicial, mas eu defino a senha do root. As linhas que fazem isso são:
d-i passwd/root-login boolean true
d-i passwd/root-password-crypted password "MD5 Hash"
Onde "MD5 Hash" é o hash MD5 da sua senha desejada. Você pode obter uma string MD5 criptografada corretamente para sua senha executando:
mkpasswd -H md5 "yourpassword"