Esta é uma solução de baixo nível, mas você pode criar os diretórios se não houver muitos e, em seguida, usar mv 'find / -name *.extension' /destinationPath
Basta repetir para cada extensão de arquivo, alterando a extensão do arquivo e o caminho de destino. Dependendo da dispersão dos seus arquivos, escolha um ponto de pesquisa apropriado (eu escolho a raiz /). Isso seria ótimo se você tivesse apenas várias extensões diferentes.