Eu mesmo encontrei a solução. Eu descrevo aqui caso alguém precise disso.
O arquivo com problemas era /home/<username>/.config/menus/mate-applications.menu
. No meu caso, ficou claro qual parte do arquivo foi danificada e como o último deve ser reparado (caso não seja o caso, o caminho a seguir seria usar o mais recente dos backups nomeados como mate-applications.menu.undo-10
localizado no mesmo diretório) .