Você pode chamar nemo com a opção --no-desktop:
nemo --no-desktop
Eu uso o desktop i3 no Arch Linux e uso o nemo como explorador de arquivos.
Quando em qualquer aplicativo eu uso a opção de mostrar no explorador de arquivos, ele abre uma janela do navegador carregando file://path/to/folder
.
Eu gostaria de configurar o sistema para usar o nemo.
Você pode chamar nemo com a opção --no-desktop:
nemo --no-desktop