Por incrível que pareça, ainda não encontrei a solução para isso, a menos que tenha interpretado mal os resultados de pesquisa que tenho visto.
Eu quero criptografar uma unidade flash USB para que eu possa selecionar "Boot from USB" em qualquer máquina, e o Truecrypt será carregado a partir da própria unidade e, em seguida, o Ubuntu inicializará a partir da unidade descriptografada.
Instale o Ubuntu na unidade flash e use o Truecrypt dentro do Ubuntu para criptografá-lo.
Truecrypt pode criptografar a partição do sistema operacional enquanto o sistema operacional está em execução, então tudo que você precisa fazer é reiniciar e você será solicitado a fornecer sua senha.