$ grep -vF -f file_S file_A
Hi 1,2 This is not so fun.
Ab 3,4 I am stupid.
Isso usa as strings em file_S para obter as linhas em file_A que não contêm nenhuma dessas strings.
-v inverte o sentido da correspondência para que as linhas sem correspondência sejam passadas, e -F diz grep para tratar as cadeias como cadeia fixa e não como expressões regulares.