O Policykit é usado para permitir que processos sem privilégios realizem operações privilegiadas sem ser root, etc. No seu caso, seu único usuário root sempre será privilegiado.
Temos estações de trabalho em que o único usuário é o root. Nós os usamos apenas através do ssh para distribuir a carga de trabalho. Nós instalamos o Debian 8 (Jessie) nessas máquinas.
Eu li que o kit de ferramentas e o kit de políticas do console são usados apenas para registrar shells regulares de usuários e gerenciar ações privilegiadas regulares do usuário (por exemplo, ações do freedesktop (shutdown)).
Não temos usuários regulares, apenas root. Esses processos ocupam muito espaço em htop .
É seguro remover o polkit e o consolekit?
O Policykit é usado para permitir que processos sem privilégios realizem operações privilegiadas sem ser root, etc. No seu caso, seu único usuário root sempre será privilegiado.
Talvez um pouco atrasado, mas, em geral, não é seguro executar qualquer máquina séria com raiz como o único usuário. Dessa forma, qualquer pessoa que administrasse a máquina poderia destruí-la com um comando não intencional. É por isso que você deve sempre criar um ou mais usuários menos privilegiados (leia-se: comuns).
Se necessário, esses usuários menos privilegiados podem usar o comando "sudo" para executar tarefas que exijam privilégios de root.