O que o Shotwell deve fazer nesse caso é reconhecê-los automaticamente (não importar novamente) assim que você os tiver movido para algum lugar no diretório em que copia as fotos durante a importação. Mas acho que você precisa ativar o recurso de importação automática para que isso funcione. Olhe nas Preferências, em "Localização da Biblioteca", há também uma caixa de seleção que precisa ser marcada: "Assista ao diretório da biblioteca para novos arquivos". Atualmente, essas fotos ainda estão no banco de dados (daí a "duplicata" que não permite a reimportação), mas a localização do arquivo foi alterada para que elas fiquem "ausentes" em Shotwell. Você os moveu para a biblioteca definida em Preferências (ou uma subpasta abaixo)?