Simples cat
+ tr
deve ser suficiente.
Se não, talvez algo esteja errado com o seu sistema:
sh-4.2$ cat file1 file2
atagacat
agataga
ctcatctat
tagcatag
atagacat
agataga
ctcatctat
tagcatag
sh-4.2$ cat file1 file2 |tr -d '\n'
atagacatagatagactcatctattagcatagatagacatagatagactcatctattagcatag
Teste on-line aqui: link
Atualizar
Após seu esclarecimento nos comentários, você precisa remover novas linhas de cada arquivo separadamente e não juntar todos os arquivos juntos (ps: não coloque clarificações úteis nos comentários - edite sua pergunta principal), você pode usar algo como:
perl -pe 's/\n//g' file >file_cat #perl -pe is directly equivalent to 'sed'.
Você também pode usar o perl -pe para fazer substituições de lote em mais arquivos de uma só vez:
perl -pe 's/\n//g' -i file{1..100) #-i : in-place replacements in each file
OR
perl -pe 's/\n//g' -i.bak file{1..100) #in-place replacement keeping also a backup of original file
ALSO this works for all txt files in a directory
perl -pe 's/\n//g' -i.bak *.txt #in line replacement of all txt files in current directory keeping also a back up file
Você pode usar um loop como mencionado em outras respostas ou assim:
while IFS= -r -d '' fname;do
perl -pe 's/\n//g' "$fname" >"${fname}_cat"
#any other command you might need like echo,cat,whatever
done < <(find . -maxdepth 1 -type f -name 'file*' -print0)