Você está enfrentando pelo menos dois problemas:
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Os aliases não são expandidos quando o shell não é interativo, a menos que a opção expand_aliases
shell esteja definida usando shopt
.
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.bashrc
geralmente contém configuração para shells interativos, não para scripts (também conhecidos como shells não interativos).
Existem algumas soluções:
# Set expand_aliases option and add the alias (in your script)
shopt -s expand_aliases
alias oTools="/home/user/folder/oTools-cli"
# Create a function instead of an alias (in your script)
oTools() { /home/user/folder/oTools-cli "$@"; }
# Add /home/user/folder to your PATH (in your .profile)
PATH="/home/user/folder:$PATH"