Para fechar todas as conexões indesejadas de entrada e saída, você pode usar iptables como um firewall para fazer o trabalho, aqui está um exemplo:
# To make sure that you have ssh access to the server
iptables -t filter -A INPUT -p tcp -s 101.432.XX.XX --dport 22 -j ACCEPT
# Allowing only your ip to connect to the server via specific port
iptables -t filter -A INPUT -p tcp -s 101.432.XX.XX --dport 3000 -j ACCEPT
# Drop any other requests
iptables -t filter -A INPUT -j DROP
Isso foi apenas um exemplo, você quase pode fazer o que quiser com iptables para segurança.
Para proteger seu servidor contra DoS/DDoS , eu recomendaria csf como uma ferramenta de firewall, ele pode fornecer uma boa proteção contra vários tipos de ataques, para obter mais informações sobre csf , verifique isso: link