O -v que você passou está fazendo com que ele faça o oposto do que você pretende - está mostrando a você, para cada linha em sitelist1.txt , todas as linhas em sitelist2.txt que não são correspondências. Então você está vendo um monte de duplicatas, eu apostaria. Você quer usar o mesmo comando sem a opção -v :
fgrep -f sitelist1.txt sitelist2.txt
Isso executará a seguinte diretiva em inglês: Para cada linha em sitelist1.txt , mostre-me todas as linhas em sitelist2.txt que contêm a linha do arquivo 1 na qual estou interessado, como a linha inteira ou como parte do arquivo 2 linha.
A opção -v é uma opção "inverter correspondência", que mostra todas as linhas não correspondentes.