O Perl vem muito mais naturalmente para mim do que as alternativas mais leves:
echo VER_collect_important_info.pl_1.0.2 | perl -pe 's/^[^_]*_(.*)_(.*)$/$1 $2/'
Se não importa que isso use um processo de peso maior que o necessário, eu paro por aí.
sed pode fazê-lo, no entanto, parece ruim ter que ter que escapar de elementos básicos como colchetes:
echo VER_collect_important_info.pl_1.0.2 | sed 's/VER_\(.*\)_\(.*\)/ /'