Use apenas, para uma string separada por vírgula, continue adicionando o índice de arquivos a uma variável e imprima a variável
for((i=1; i<=30; i++))
do
name="File${i}.exe"; [[ ! -e "$name" ]] && files="$files$i,"
done
echo $files | sed s/,$//
Ou você pode armazenar os valores em uma matriz / lista
arr=()
for((i=1; i<=30; i++))
do
name="File${i}.exe"; [[ ! -e "$name" ]] && arr+=($i)
done
(IFS=, ; echo "${arr[*]}") #to print the array with comma as separator