Remove um sufixo específico de todos os arquivos em um diretório

Question

Eu tenho um arquivo de genótipo que eu dividi em mais de 2000 arquivos SNPs de 5K usando

split -d geno_file

a saída que recebo é algo assim:

table_subset_0001
table_subset_0002
table_subset_0003
.
.
table_subset_0099
.
.
table_subset_0999

Eu quero excluir 0 e obter

table_subset_1
table_subset_2
table_subset_3
.
.
table_subset_93
.
.
table_subset_999

Existe alguma maneira de fazer isso?

    

Answer 1

Para adicionar à solução @ John1024, aqui está uma que usa comandos Bash padrão:

for file in table_subset_*; do
    new_name=$(echo "$file" | sed -E -e 's/_0+/_/')
    mv "$file" "$new_name"
done

O princípio é o mesmo. Nós iteramos todos os arquivos e substituímos o _0 por _ .

    

Answer 2

Usando o utilitário Perl rename :

rename 's/_0+/_/' table_subset_*

Isso substitui _ seguido por um ou mais caracteres zero com apenas _ .

O acima funciona com o utilitário rename , às vezes chamado de prename , que vem com o Perl. Algumas distribuições instalam o utilitário rename do utilitário util-linux , que é completamente incompatível.

Se a renomeação de Perl ainda não estiver instalada em seu sistema, os métodos para instalá-la podem ser encontrados aqui

    

Answer 3

Por uma questão de pureza ...

Uma resposta bash pura: (obrigado @steeldriver)

shopt -s extglob
for file in table_subset_0*; do
    mv "$file" "${file/_+(0)/_}"
done

Uma resposta% GNU sed pura:

ls | sed -n -r '
    /^(table_subset_)0+(.*)/ ! d
    s//mv & /
    e
'

Uma resposta% GNU awk pura:

ls | awk -F '_0+' 'NF > 1 { system("mv " $0 " " $1 "_" $2) }'

    

Answer 4

Um simples liner seria (executado na pasta em questão):

rename 's/(?<=table_subset_)([0])+//' ./*

Mas se for executado de fora:

rename 's/(?<=table_subset_)([0])+//' /path/to/files/folder/*

    

Answer 5

Você pode usar awk no começo em vez de usar split e executar outra ferramenta rename .

awk 'NR%5000==1{ file=sprintf("table_subset_%d", ((++c)) )} {print >file}' geno_file

isso dividirá o arquivo geno_file nos blocos de arquivos 5K com sufixo numérico sem zeros à esquerda, mas você está à vontade para usar 0Xd in. acima com 4 dígitos de comprimento como sprintf("..._%04d", ((++c)) )

Ou se você gostaria de dividir seu geno_file para apenas 9 partes do arquivo de saída, então primeiro com split e direito usando suas opções para definir iniciar o sufixo numérico de 1 (o padrão é 0) e -a N (gera sufixos de comprimento N (padrão 2)), você pode simplesmente usar da seguinte maneira:

split -a 1 --numeric-suffixes=1 -l TOTALLINES/9HERE table_subset_

Mas ainda não se esqueça de awk solution.