Você pode incluir o Bin no texto para substituir, o que resultaria na substituição por ele mesmo:
sed 's/\(Bin\)\{0,1\}\.txt/Bin.txt/g'
Ou se o seu sed suportar EREs com -E (ou -r para algumas versões mais antigas do GNU ou busybox sed ):
sed -E 's/(Bin)?\.txt/Bin.txt/g'
Tenha em atenção que . é um operador regexp que corresponde a qualquer caractere único. Você precisa de \. para corresponder a um literal ponto .