Você não tem um tempfile2.gz , você só tem um tempfile2 .
Descompacte fazendo
gzip -d < tempfile2 > tempfile3
Normalmente, o gzip esperaria um arquivo .gz para descompactação e você pode fazer
mv tempfile2 tempfile2.gz
gzip -d tempfile2.gz
que lhe daria um tempfile2 não compactado. Ou você poderia fazer
mv tempfile2 tempfile2.gz
gzip -cd tempfile2.gz > tempfile3
o -c certificando-se de que a saída seja gravada na saída padrão. Ou faça
zcat tempfile2 > tempfile3
para que você não precise fornecer opções, para as quais escolher as corretas parece ser a origem de seus problemas.