Pode ser impossível fazer melhor do que as décadas de criptografia segura testada do GPG, mas existem algumas outras ferramentas de criptografia disponíveis, o ArchWiki tem boas informações aqui link
Embora eles se concentrem no disco & criptografia de pasta você poderia criptografar uma pasta de cada vez, ou tratar cada arquivo como um "disco" se você quisesse.
As opções do dispositivo de bloqueio são:
As opções do sistema de arquivos empilhadas (pasta) são: