seu erro está aqui:
rm -r ~/ .pulse
não há espaço entre ~/ e .pulse neste site, acredito.
Assim, você efetivamente excluiu todos os arquivos no diretório ~/ (seu diretório pessoal) e no subdiretório .pulse de um diretório atual.
É um trabalho difícil restaurar seus arquivos. Verifique a resposta, por favor: Unix / Linux recupera / recupera arquivos deletados