seu erro está aqui:
rm -r ~/ .pulse
não há espaço entre ~/
e .pulse
neste site, acredito.
Assim, você efetivamente excluiu todos os arquivos no diretório ~/
(seu diretório pessoal) e no subdiretório .pulse
de um diretório atual.
É um trabalho difícil restaurar seus arquivos. Verifique a resposta, por favor: Unix / Linux recupera / recupera arquivos deletados