Nada está errado. Você estava logado como usuário root. Quando você saiu, sua sessão foi encerrada - mas você abriu essa sessão como usuário, então você retornou à sua conta de usuário.
É como abrir um jogo em tela cheia - você o abre na área de trabalho e parece que ele invadiu o computador - mas quando você o fecha, volta para a área de trabalho - o local de origem - porque você fechou seu jogo, não a área de trabalho inteira.