Se eu entendi corretamente, você está tentando alterar o nível de ionização de todas as chamadas subseqüentes para cp . Em caso afirmativo, você está entendendo mal a maneira como ionice funciona (e nice , a propósito).
O comando ionice refere-se a um processo , não a um binário. Você pode usá-lo para alterar o nível de ionização de um processo em execução no momento, dando a ele o PID como um argumento ou pode usá-lo quando iniciar um processo.
Então, ou fique de olho na máquina e defina manualmente um novo nível ionice para os processos problemáticos, assim:
ionice -c2 -n0 -p 12345 # replace 12345 with the PID you want to act nicer
ou altere os scripts com os quais você está trabalhando para que eles usem ionice -c2 -n0 cp from to em vez de apenas cp from to .
Ainda não há garantia de que as coisas melhorarão. O IO é mais complicado do que você imagina e, especialmente, se você estiver trabalhando com máquinas virtuais.