Os únicos arquivos que seu comando teria apagado seriam links simbólicos para o dispositivo atual do kernel, initrd e cdrom. Novamente, esses são apenas links simbólicos e não causariam o problema descrito por você.
O comando rm
não será recursivo (-r significa recursivo) a menos que seja explicitamente solicitado, ou a menos que um alias
para rm tenha sido criado no arquivo .bashrc
da raiz afirmando que 'rm' deve ser tratado como 'rm -r' ou 'rm -rf'.
Suspeito que você não estava no diretório que você pensou que fosse.