fringe_copy(){
local IFS=,
while read num title; do
f=Fringe.S03E$num.mkv
if [ -f "$f" ]; then
echo mv "$f" "${f%.mkv}.$title.mkv"
fi
done
}
fringe_copy <list_of_files
Você terá que remover o echo
de antes de mv
se estiver satisfeito com a execução a seco.