$ awk '{ f = "pop-" $2 ".txt" ; print $1 >f }' file
Para a entrada fornecida, isso gerará os seguintes arquivos:
$ ls -l pop-*.txt
-rw-r--r-- 1 kk wheel 18 Sep 28 18:47 pop-HA_13.txt
-rw-r--r-- 1 kk wheel 14 Sep 28 18:47 pop-HA_15.txt
-rw-r--r-- 1 kk wheel 14 Sep 28 18:47 pop-HA_16.txt
-rw-r--r-- 1 kk wheel 10 Sep 28 18:47 pop-HA_21.txt
-rw-r--r-- 1 kk wheel 12 Sep 28 18:47 pop-HA_25.txt
-rw-r--r-- 1 kk wheel 28 Sep 28 18:47 pop-HA_7.txt
$ cat pop-HA_7.txt
HT225_KS2A-23R
HT256_KS2A-4
O programa awk
cria o nome do arquivo de saída tomando o segundo campo e acrescentando e anexando bits de nome de arquivo adequados a ele. Em seguida, ele exibe o primeiro campo para esse arquivo.