Eu suponho que você tente algo como
zip /path/to/your/zipfile *
mas *
não corresponde a nomes de arquivos que começam com um ponto. Mas ?
corresponde a um ponto, então ?*
corresponde a todos os nomes de arquivos, incluindo aqueles que começam com um ponto. Infelizmente, ele também corresponde a ..
, o diretório pai, então
zip /path/to/your/zipfile ??*
Isso corresponderá a tudo no diretório atual.