Eu suponho que você tente algo como
zip /path/to/your/zipfile *
mas * não corresponde a nomes de arquivos que começam com um ponto. Mas ? corresponde a um ponto, então ?* corresponde a todos os nomes de arquivos, incluindo aqueles que começam com um ponto. Infelizmente, ele também corresponde a .. , o diretório pai, então
zip /path/to/your/zipfile ??*
Isso corresponderá a tudo no diretório atual.