O Debian será capaz de reconhecê-los como o HDD, já que a unidade relataria que é um dispositivo baseado em blocos sempre que o sistema o consultar. Isso não deveria ser um problema.
Quanto a colocar partições nessa unidade, depende de como você pretende colocá-las lá. Se você pretende colocar o diretório /
em sua unidade principal e /usr/
na outra unidade, será necessário usar um ramdisk inicial (initrd) para garantir que o sistema ainda possa ser inicializado. O Debian deve ser capaz de lidar com isso para você, já que acredito que crie um initrd por padrão.