Você pode precisar manter várias versões de um executável (como o java) em seu sistema. Talvez a maior parte do seu sistema funcione com o Java 8, mas um aplicativo precisa do Java 7.
O programa alternativas permite alternar rapidamente de uma versão para outra.
EDIT: Por outras razões, você pode querer fazer isso, veja Qual é a diferença entre JAVA_HOME e update-alternatives? / a> e Melhor maneira de adicionar alternativas usando as alternativas de atualização?
It is possible for several programs fulfilling the same or similar functions to be installed on a single system at the same time. For example, many systems have several text editors installed at once. This gives choice to the users of a system, allowing each to use a different editor, if desired, but makes it difficult for a program to make a good choice of editor to invoke if the user has not specified a particular preference.
The alternatives system aims to solve this problem. A generic name in the filesystem is shared by all files providing interchangeable functionality. The alternatives system and the system administrator together determine which actual file is referenced by this generic name.