Assim como em muitos ambientes, certamente é possível ter vários arquivos com o mesmo nome em vários locais.
Existem várias maneiras de ver se os arquivos são idênticos (ou, na verdade, são o mesmo arquivo com vários links).
Primeiro, você pode usar uma ferramenta como diff para comparar o conteúdo dos arquivos. Se forem diferentes, serão mostradas as diferenças (ou informadas de que são diferentes se os arquivos forem interpretados como arquivos binários):
diff /etc/rc.d/init.d/rabbitmq-server /etc/logrotate.d/rabbitmq-server
Em segundo lugar, você pode usar o formato longo de ls para ver se um arquivo é um link simbólico (ou "flexível". Isso mostrará que um determinado arquivo é um link simbólico e o local para o qual ele aponta :
$ ls -l bar
lrwxrwxrwx 1 ghoti ghoti 3 Aug 18 18:34 bar -> foo
O l na primeira coluna mostra que bar é um link e o final da linha, bar -> foo , mostra que foo é o local para o qual bar aponta.
ls -l também mostra quantos links físicos um arquivo possui:
$ ls -l foo
-rw-rw-r-- 2 ghoti ghoti 0 Aug 18 18:36 foo
Nesse caso, o 2 entre as permissões e o proprietário mostra que foo é um arquivo para o qual existem dois links físicos. Você pode usar find para localizar arquivos que são hardlinks para o mesmo arquivo:
find / -samefile foo
O comando acima irá procurar em todo o sistema de arquivos por todos os hardlinks para foo
Quanto à sua pergunta sobre a maneira correta de iniciar o rabbitmq , é melhor encontrá-lo consultando a página do manual:
man rabbitmq