Provavelmente, é mais fácil decodificar as entradas e codificar novamente:
$ echo "AQI=AwQ=" | base64 -d | base64
AQIDBA==
(Ou apenas execute o decodificador separadamente para cada string se a leitura da string após o =
padding ofender sua sensibilidade.)
$ (echo "AQI=" |base64 -d ; echo "AwQ=" |base64 -d) | base64
AQIDBA==