A maioria desses aplicativos está usando o XMPP para o serviço, isso significa que eles precisam estar online para verificar se há novas mensagens, o XMPP suporta estado invisível. Cliente de chat padrão para o Ubuntu é empata - use isso em vez do Pidgin, em empatia você pode definir seu estado para invisível e ele não irá informá-lo quando os usuários ficarem online. (Você também pode alterar isso na janela de configurações do pidgin).