Configure-o para que o diretório / home esteja em uma partição separada. Dessa forma, se você precisar fazer uma nova instalação, poderá reformatar as outras partições e manter o diretório / home atual. Você pode até mesmo ter seu diretório / home como um segundo disco, e colocar 2 ou mais versões do Linux em partições-raiz separadas! Eu uso um pequeno disco principal 80Gb (hda) para uma unidade raiz (/, / boot, / usr, / var, / etc, etc) e, em seguida, um disco de 1 TB (hdb) para / home. Eu reutilizei o mesmo drive / home para o Debian, Ubuntu e LinuxMint porque o Ubuntu e o Mint são derivados do Debian.