Geralmente, a solução é "não tente instalar da origem em diretórios gerenciados pelo sistema de empacotamento".
Você pode instalar o seu código compilado em /usr/local , por exemplo, e ter qualquer coisa que dependa dele procure /usr/local para bibliotecas e incluir arquivos usando as chamadas apropriadas de seu sistema de compilação (por exemplo, definindo CPPFLAGS / CFLAGS / LDFLAGS para um Makefile típico.
Você pode até instalar tudo em um diretório específico do aplicativo (por exemplo, /usr/local/myapp ou /opt/myapp ).
Esse também é um ótimo caso de uso para algo como Docker , que facilita muito a configuração de ambientes isolados de desenvolvimento / tempo de execução que são isolados do seu host.